Les premières traces de passage de peuples nomades à Savonnières remontent à la préhistoire.
Au cours du 1er siècle de notre ère les Romains choisirent le site, située sur la voie romaine reliant Caesarodunum (Tours) à Caino (Chinon), pour y construire un moulin à savon. D’où le nom de Saponaria. Il reste de cette époque un cimetière gallo-romain du 3e siècle dans les Grottes Pétrifiantes (www.grottes-savonnieres.com) et un vase funéraire en terre cuite conservé par la Société Archéologique de Touraine.
Au 7e siècle, les Francs réunirent les deux villages d’origine pour former la cité de Saponaria placée sous l’autorité de l’évêque de Tours. La première église Saint Gervais et Saint Protais date de cette époque. Grâce au développement du commerce fluvial, le bourg fut prospère jusqu’au milieu du 9e siècle.
Cependant, à la fin de l’année 853, des troupes normandes remontèrent le Cher brûlant tout sur leur passage, y compris les maisons de Saponaria et probablement son église. Leur dernière incursion eut lieu en 903 avec son cortège d’incendies et de pillages.
En 1138 l’archevêque Hugues II concéda la nouvelle église construite en pierre à l’abbaye Toussaint d’Angers alors que le seigneur Gausbert fit construire un château fort à Savonnières vers 1150. Jusqu’à la Révolution la châtellenie possédait une cour de justice et était le siège d’un notaire royal. Savonnières cessa d’être la résidence principale des seigneurs dès le 13e siècle.
Entre le 15e et le 18e siècle, la châtellenie de Savonnières passa entre de nombreuses mains. Un péage à sel ainsi que la batellerie firent la prospérité du bourg pendant cette période.
Pendant la Révolution, le prieur-curé ainsi que le vicaire de Savonnières furent arrêtés et mis en prison, les cloches de l’église descendues et fondues.
Au 19e siècle le trafic fluvial sur le Cher était toujours très important. Chaque année, 2 000 bateaux se croisaient au port de Savonnières riche de huit auberges pour accueillir les mariniers en attente de franchir la passe marinière. Le 19e siècle vit aussi la création d’une école de garçons en 1838, d’une école de filles en 1872 ainsi que la construction d’un premier pont suspendu sur le Cher, de la ligne de chemin de fer et de la gare en 1852. De plus, ce siècle fut marqué par deux Saponariens de renom, Guillaume André Villoteau, ancien musicologue et maire de Savonnières de 1813 à 1815, et Gaston Fernand, 4e comte Léon, arrière-petit-fils de Napoléon Bonaparte, né à Savonnières en 1886.
Quatre ponts, dont un construit par l’entreprise Eiffel, se succédèrent entre le 19e et le 20e siècle. Le pont actuel en béton précontraint date de 1972.
Aujourd’hui, le commerce fluvial sur le Cher a complètement disparu, mais l’association saponarienne des Bateliers du Cher maintient vivante la tradition de la batellerie www.bateliers-du-cher.net.
Depuis les années 1960, la population saponarienne ne cesse de croître, comptant aujourd’hui 3 234 habitants.